Die ersten Verbandserfahrungen sammelte er 1957 in der Bundesvereinigung der Deutschen Arbeitgeberverbände (BDA), ehe er als stellvertretender Geschäftsführer zum Verband Holz+Kunststoff Hessen wechselte. Nach der deutschen Wiedervereinigung wirkte Jünger am Aufbau von Unternehmerverbändestrukturen in Thüringen mit. Dieses Engagement mündete schließlich in der Umbenennung des eigenen Verbands in VHK Hessen-Thüringen. Getragen von seinem Lebens- und Arbeitsmotto „Geht nicht, gibt’s nicht“ vertrat Jünger in den Folgejahren die Interessen der Verbandsmitglieder als versierter Arbeitsrechtler. Als solcher unterstützte er die Unternehmen vor Gerichten und ab 1997 in der Funktion des VHK-Geschäftsführers auch gegenüber Behörden und staatlichen Stellen.
„Thomas Jünger hat es von Anfang an verstanden, Vertrauen aufzubauen. Die Mitglieder unseres Verbands haben sofort gespürt, dass seine Geschäftsführung auf Werten beruht, die wir alle teilen konnten. Ein weiterer Faktor für die hohe Wertschätzung, die er bei jedem einzelnen Mitglied unseres Verbands genießt und mit dem er den IBA in jetzt fast 18 Jahren Geschäftsführung wesentlich vorangebracht hat, sind sein persönlicher Unternehmergeist und das Gespür für die Bedürfnisse der Unternehmen unserer Branche“, lobt Helmut Link, Vorsitzender des IBA, die Verdienste des scheidenden Geschäftsführers.
Die Qualitäten des Juristen und Verbandsgeschäftsführers blieben auch jenseits des VHK Hessen-Thüringen nicht lange verborgen. Über die Jahre hinweg erwarb sich Jünger einen so guten Ruf, dass er in Ehrenämter der Wirtschaft berufen wurde. Unter anderem war er als Aufsichtsratsvorsitzender eines Hidden Champions tätig. Die Interessen der mittelständischen Industrie vertrat Jünger darüber hinaus als Mitglied in den Gremien der Bürgschaftsbank Hessen (BB-H) sowie der Mittelständische Beteiligungsgesellschaft Hessen (MBG H).
Alle drei Verbände übergibt Thomas Jünger mit gefestigten Strukturen und soliden Finanzen in die Hände seiner Nachfolger. Die Geschäftsführung des VHK Hessen-Thüringen übernimmt sein bisheriger Stellvertreter Rechtsanwalt Thorsten Damm. Die Geschäftsführung des BHI geht an den Rechtsanwalt Clemens Lüken, Geschäftsführer des Verbands der holz- und kunststoffverarbeitenden Industrie Rheinland Pfalz (VHK Rheinland-Pfalz). Die Geschäftsführung des IBA wird künftig von Stefan Kokkes wahrgenommen. Der Betriebswirt mit einem MBA der Esade Business School übernimmt die neue Aufgabe zusätzlich zu seiner bisherigen Position als Geschäftsführer der IBA-Tochter Office Service GmbH.
